员工面对公司因辞职扣20%工资的情况，可能存在以下法律风险点。1.诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从员工知道或应当知道工资被克扣之日起计算。例如，员工2023年1月辞职时被公司扣20%工资，若2024年2月才申请仲裁，已超过时效，仲裁机构可能不予受理，员工将无法通过法律途径追回被扣工资。2.证据链断裂风险：若员工未留存辞职通知的送达证明，或无法提供劳动合同、工资条等证据，公司可能否认扣工资的事实，或主张扣工资有合法依据，导致员工维权失败。例如，员工口头通知辞职，公司否认收到通知，称员工擅自离职，员工因无证据证明已提前通知，无法反驳公司的主张。
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员工提出辞职后公司扣20%工资的处理，可能受以下特殊情况影响。1.员工未提前通知且造成重大损失：若员工未提前通知擅自离职，导致公司项目延误、客户流失等重大经济损失（如公司因员工突然离职需支付违约金给客户），公司可依据《工资支付暂行规定》扣20%工资，但需证明损失与员工离职有直接因果关系，且扣除后工资不低于最低工资标准，此时扣20%工资可能合法。2.公司规章制度未依法公示或告知员工：若公司以规章制度为由扣20%工资，但该规章制度未通过民主程序制定，或未向员工公示、告知（如未让员工签字确认），则规章制度对员工无约束力，公司扣20%工资仍属违法。3.员工处于医疗期或孕期等特殊时期：若员工因医疗期、孕期等法定情形提出辞职，公司扣20%工资可能违反《劳动合同法》对特殊群体的保护规定，即使员工未提前通知，公司也不得随意扣工资，需优先保障员工的合法权益。
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员工提出辞职后公司扣20%工资的合法性，可依据《劳动合同法》和《工资支付暂行规定》分析。《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”若员工已依法提前通知，公司扣20%工资违反该条款，因劳动者合法解除权受法律保护，用人单位不得阻挠或克扣工资。《工资支付暂行规定》第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”若员工未提前通知且造成损失，公司扣20%工资需满足“损失真实存在”“有合同约定”“扣除后不低于最低工资”三个条件，否则仍违法。综上，公司扣20%工资是否违法，需结合员工是否提前通知、是否造成损失及合同约定判断，多数情况下直接扣20%可能违法。
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针对员工提出辞职后公司要扣20%工资是否违法的问题，需结合具体情况判断。公司扣20%工资可能违法，也可能合法，关键看是否符合法定条件。1.若员工已提前30日（试用期提前3日）书面通知公司辞职：公司扣20%工资违法，因《劳动合同法》规定劳动者提前通知即可解除劳动合同，用人单位不得无故克扣工资。2.若员工未提前通知擅自离职，且给公司造成实际经济损失：公司可扣工资，但扣减后剩余工资不得低于当地最低工资标准，且扣20%需以损失为限，若损失不足工资的20%，扣20%仍可能违法。3.若劳动合同或规章制度未明确约定扣工资情形：公司直接扣20%工资违法，因扣工资需有合法依据，无约定则属无故克扣。

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