辞职不足三个月就被扣工资，劳动者或许会遇到法律风险，以下为您举例说明：
1、经济损失风险：若用人单位无合法依据扣减工资，劳动者会直接蒙受经济损失。比如，小明的劳动合同未约定服务期和违约金，工作两个月后辞职，公司却以“辞职不满三个月”为由扣了他当月一半工资，导致小明损失数百元，这就是典型的不当扣工资引发的经济损失风险。
2、证据链风险：要是劳动者缺乏足够证据证明用人单位扣工资的行为违法，维权就会困难重重。例如，小李辞职后被公司扣了工资，公司称是因为他违反了服务期约定，但小李无法提供劳动合同或培训协议来证明双方并未约定服务期，这种情况下，小李在申请劳动仲裁时可能因证据不足而败诉，难以追回被扣工资。
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辞职不满三个月扣工资是否合法，不能一概而论，需具体情况具体分析：
如果用人单位与劳动者签订了合法的专项培训协议，并约定了服务期，而劳动者在服务期内辞职，用人单位可以按照约定要求劳动者支付违约金，此时扣工资（用于支付违约金）可能合法，但违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
但如果用人单位仅以“辞职不满三个月”为由，在没有任何合法约定（如上述专项培训服务期违约金约定）的情况下直接扣工资，这种行为就是不合法的。因为除《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金，也不得无故克扣劳动者工资。
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关于辞职不满三个月扣工资是否合法的问题，我们可以依据相关法律法规来分析：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条规定：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。”第二十五条规定：“除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。”
在“辞职不满三个月扣工资”这一问题中，如果用人单位未为劳动者提供专项培训费用并约定服务期，那么其以辞职不满三个月为由扣工资就违反了第二十五条的规定，属于违法行为。如果存在合法的专项培训服务期约定，劳动者辞职不满三个月即违反服务期约定，用人单位可按约定扣除不超过培训费用且不超过未履行服务期分摊费用的违约金，此时扣工资（违约金）才可能合法。因此，判断的关键在于是否存在符合第二十二条规定的合法违约金约定。
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处理辞职不满三个月扣工资的问题时，有一些特殊情况或例外情形会影响处理结果：
1、劳动者给用人单位造成经济损失的情形：如果劳动者在工作期间因个人原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从劳动者本人工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这种情况下，用人单位扣工资是基于劳动者造成的经济损失，而非单纯因为辞职不满三个月，所以扣工资行为会有一定合法性基础，但需严格遵守扣除比例等限制。
2、用人单位与劳动者另有合法约定的情形：除了专项培训服务期约定外，如果双方在劳动合同中还有其他符合法律规定的关于工资扣除的约定，且该约定是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，那么在辞职不满三个月时，若符合该约定情形，用人单位扣工资可能合法。例如，双方约定劳动者在试用期内辞职需提前一定天数通知，否则扣除部分工资作为未提前通知给用人单位造成损失的补偿，且该约定合理，那么这种扣工资情形也会影响处理结果。

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